Τα διάφορα ευρήματα στην περιοχή της Κολώνας και σε άλλες περιοχές της, φανερώνουν ότι οι πρώτοι κάτοικοι στην Αίγινα εμφανίστηκαν στο δεύτερο μισό της 4ης χιλιετηρίδας π.Χ. (3500-3000 π.Χ)

Οι πρώτοι κάτοικοι ήρθαν από την Πελοπόννησο. Aλλοι εγκαταστάθηκαν στο Λόφο της Κολώνας και ζούσαν από την ναυτιλία, έχοντας λιμάνι στον Όρμο της Καραντίνας και άλλοι εγκαταστάθηκαν στον Μεσαγρό και ζούσαν από την γεωργία.
Η αποίκιση του νησιού συνεχίστηκε από τους Αιγαίους, κατά την Πρώϊμη Εποχή του Χαλκού (2500-2000 π.Χ.). Εγκαταστάθηκαν στην Κολώνα και ασχολήθηκαν με την ναυτιλία και το εμπόριο.
Κατά την περίοδο 2000-1600 π.Χ., οι Αιγινήτες άρχισαν να αναπτύσσουν μεγάλη εμπορική και ναυτική δραστηριότητα.

Γύρω στο 1400-1300 π.Χ., εγκαθίστανται στην περιοχή του Όρους οι Μυρμιδόνες προερχόμενοι από την Θεσσαλία και ιδρύουν το Ναό του Ελλάνιου Δία.
Περίπου το 950 π.Χ. έχουμε την κάθοδο των Δωριαίων στο νησί και περί τον 7ο π.Χ. αιώνα η Αίγινα συμμετέχει με τον Πόρο και 5 άλλες πόλεις στην Αμφικτιονία της Καλαυρείας.

Η Αμφικτιονία στην αρχή ήταν θρησκευτική και αργότερα πολιτική ομοσπονδία. Μέλη της ήταν η Ερμιόνη, ο Πόρος η Επίδαυρος, η Αίγινα, οι Πρασιές, η Αθήνα κι ο Ορχομενός.